Nun, die Eventhandler wie onclick=”machwas” & Co. schreibt man generell separat ins JavaScript. (Ob das eher im Kopf oder Fuß einer Seite steht ist dann wieder Religionsfrage und kommt IMHO auf den Anwendungsfall an, besonders wenn wir über den Einbau in ein CMS-Template sprechen)

Wenn es ganz wenig Quelltext ist kann man alles direkt ins HTML einbetten ohne die Auslagerung in eine spezielle JS-Datei, das spart dann einen HTTP-Request und die Seite läd etwas schneller:

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<script type="text/javascript">
/* Quelltext hier */
</script>

Im Gegenfall eben so:

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<script type="text/javascript" src="http://meine-webseite.de/js/machwas.js"></script>

Wenn du jetzt normalerweise schreiben würdest:

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<h1 id="foo" onclick="alert('geklickt');">Überschrift</h1>

Lässt du jetzt einfach das onclick weg und schreibst statt dessen im JS:

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window.onload = function()
{
  document.getElementById('foo').onclick =  function()
  {
    alert('geklickt');
  };
}

Oder alternativ – mit jQuery sieht das so aus:

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jQuery(function($)
{
  $('#foo').click(function()
  {
    alert('geklickt');
  });
});